Dès sa création, la Fondation CGénial a entamé une coopération avec l’Éducation nationale, tant au niveau national qu’au niveau académique. Ses actions propres, Ingénieurs et techniciens dans les classes et Professeurs en entreprise sont mentionnées depuis 2008 au Bulletin Officiel de l‘Éducation nationale (B.O.E.N).
Une convention-cadre de 3 ans a été signée le 31 janvier 2011 entre le Ministère de l’Éducation nationale et la Fondation CGénial afin de développer nos actions au sein de l’Éducation nationale. Cette étroite collaboration se traduit notamment par un travail actif entre La Fondation et le dispositif ministériel "Science à l'École".
Ce partenariat fort assure la légitimité de nos actions et prouve l'intérêt du monde enseignant pour la dimension culturelle des sciences qui demande à être renforcée dans les disciplines scolaires.
Grâce aux relais dans chaque académie à travers les inspecteurs pédagogiques régionaux, les opérations menées par la Fondation connaissent un essor renouvelé chaque année auprès des professionnels d'établissements scolaires.
La Fondation noue un autre partenariat solide avec Universcience (Palais de la découverte et Cité des sciences et de l’industrie, Paris) qui accueille depuis plusieurs années la finale nationale du Concours CGenial au Palais de la découverte. Cet engagement aux côtés de la Fondation s'inscrit dans leur démarche de rendre les sciences accessibles à tous.